DNAポリメラーゼの活動の計測より

• Incorporation assay
• Primer extension assay

複製フォークより

• ヘリカーゼの活動の計測

ReplicationGenesとその見つけ方より

• Biochemical Fractionation

複製の開始に関わるassay達より

• EMSA: Electrophoretic Mobility Shift Assay (Gel Shift Assayとも)。ラベルをつけたDNAにタンパク質をくっつけて電気泳動。重いと動きが遅いので。
• DNase I Protection assay (footprint assay) 。DNAの片方のstrandの末端にラベルづけし、タンパク質を加えて反応させて、DNase Iを加えてニックを入れて電気泳動（probeからnickまでの長さが検出されるが、タンパク質に守られた所はnickが入らないのでそこだけ空白になる）
• DNA unwinding assay. ssDNAだけにnickを入れるなにかを使ってfootprintと同じような事をする。KMnO4やssDNA endonucleaseが使われる。
• Template Association Assay: マグネットビーズをつけたtemplateにタンパク質を結合させてマグネットで釣り上げる。

真核生物の複製の始動より

• ChIP (Chromatin immunoprecipitation) ヘリカーゼのloadingに関するassay。ヘリカーゼをくっつけて裁断して測る。

Transcription入門より

• RT-PCR

バクテリアのTranscription入門のTranscriptionのプロモーターのマッピングより

• Promoter Fusion Assay