DNAポリメラーゼの活動の計測より
- Incorporation assay
- Primer extension assay
複製フォークより
ReplicationGenesとその見つけ方より
- Biochemical Fractionation
複製の開始に関わるassay達より
- EMSA: Electrophoretic Mobility Shift Assay (Gel Shift Assayとも)。ラベルをつけたDNAにタンパク質をくっつけて電気泳動。重いと動きが遅いので。
- DNase I Protection assay (footprint assay) 。DNAの片方のstrandの末端にラベルづけし、タンパク質を加えて反応させて、DNase Iを加えてニックを入れて電気泳動(probeからnickまでの長さが検出されるが、タンパク質に守られた所はnickが入らないのでそこだけ空白になる)
- DNA unwinding assay. ssDNAだけにnickを入れるなにかを使ってfootprintと同じような事をする。KMnO4やssDNA endonucleaseが使われる。
- Template Association Assay: マグネットビーズをつけたtemplateにタンパク質を結合させてマグネットで釣り上げる。
真核生物の複製の始動より
- ChIP (Chromatin immunoprecipitation) ヘリカーゼのloadingに関するassay。ヘリカーゼをくっつけて裁断して測る。
Transcription入門より
バクテリアのTranscription入門のTranscriptionのプロモーターのマッピングより