edXのBiochemistryのコース。
Biochemistry: Biomolecules, Methods, and Mechanismsの講義ノート。
Unit: バッファとアミノ酸
Unit: Protein Purification
Unit: Protein Structure and Folding
- タンパク質の構造
αヘリックス、βシート、Myoglobinの構造など。
- タンパク質の一次構造の決定
Edman Degradation、Protein fingerprinting、MS/MSなど。
- タンパク質の二次構造
ペプチド結合の周辺の角度、ファイとプサイの定義（Dihedral Angles）と、Ramchandranプロットによる許容される範囲。
- タンパク質のfolding
Anfinsenの実験とmolten globuleモデル
Unit: Hemoglobin
- ヘモグロビンとAllostery
- ミオグロビン、ヘモグロビンの構造
- ヘモグロビンのRとS状態
- RとSの遷移の２つのモデル、KNFモデル（間の状態がある）とMWCモデル（all or nothing）
- ヘモグロビンとBohrEffect
- O2の分圧とヘモグロビンの酸素との結合割合でグラフを書く
- Hill方程式とnの実験による決定（対数で線形化、このグラフをHillプロットと呼ぶ）
- pHの変化のメカニズム、2,3-BPGの影響など
Unit: Enzymes Part1
Unit: Enzymes Part2
- EnzymeKinetics
- Sの濃度とPの生成のプロット、Sが10%未満の範囲のvをv0と定義
- Sの濃度とPの生成の初速v0の関係式。MichaelisMentenの方程式、K_Mというmichaelis constantの導入
- 対数化したプロットはLineweaver-Burk plotと呼ばれ、実験でK_MやV_MAXを決定するのに使う
- Enzyme Inhibitors、アセチルコリンと毒
Unit: Membranes, Blood Clotting, Channels, Transporters, and Pumps
血液凝固が複雑なのでサブセクションに分ける。
Membranes
Membranes
脂肪酸の表記、グリセロールではなくSphingosineをスキャフォルドに使うSphingolipidsなども。
血液凝固
BloodClotting
- fibrin ＜ fibrinogen ＜ thrombin ＜prothrombin
- ローマ数字のIからXまでつけられた反応の連鎖
prothrombinの構造と反応
- 4つのドメインによるモジュラー構造
- GlaドメインとCa2+の結合（wafarinなどでγ-calboxygultamate化が防がれてこの結合を抑制出来る）
- membrane表面にCa2+が豊富にあれば、これにGlaドメインがくっつくので、Va, Xa, prothrombinなどが膜にくっつく
チャンネル、トランスポーター、ポンプ
Unit: Signal Transduction
RasやGsなどのGTPaseの仕組みと、epinephrineから始まるシグナルpathwayの話。
雑多なメモ