最後のアミノ酸が発見されたのが1936年！凄い最近で驚くよなぁ。
アミノ酸の異性体の話。 最初に研究されたものが偏向面を回転させる向きとしてLとDで区別されたが、 それと化学的な配置が似ているものをLとDと呼ぶようになって偏向面と無関係になってきた為、 RとSでの定義が生まれた、みたいな話。 後半は全然知らんな。
生物のアミノ酸はL-アミノ酸であり、RとSだとS-アミノ酸に対応するらしい。
その後追加のResourceにこの辺の定義が載っていたので読んでいるが、なんかこれ、昔どこかでやった事あるな。大学か？ 全然覚えてないが。
さらに追加でこのリンクが紹介されていたので読む。
Absolute Configuration: R-S Sequence Rules - Chemistry LibreTexts
なんかやったなぁ、とググっていたらyoutubeの動画を見つけてこれを見る。これを見てたらなんか思い出してきたな。 たぶん大学でやった気がする。
ペプチド結合しているアミノ酸をアミノ酸残基と呼ぶらしい。
resonance、共有結合の共鳴と辞書にはある。 ペプチド結合のC-Nの距離が二重結合と一重結合の間くらいの距離になっている。 これはC=Oの所がCO-になって、Nが+になり、CとNが二重結合になる状態との間くらいの状態だからで、 これをresonanceというらしい。 SP2ハイブリダイゼーション（PngNoteの方も参照の事）
この辺は結構分からん事あるなぁ。化学レベルが足りてない。 ただこうやってしっかり化学の不足分を潰していくのはこの先に進むのに必要な事だな。 生物をちゃんと勉強するならやはりこのコースを取る必要はあるのだろう。
リンクされてた以下の記事はそのうち読みたいかも。
| [Essential chemistry for biochemists | Essays in Biochemistry | Portland Press](https://portlandpress.com/essaysbiochem/article/61/4/401/78233/Essential-chemistry-for-biochemists) |
cisとtransがあるが、cisだとside chainが近づきすぎる事が多いので、だいたいtrans。
アミノ酸、Proは例外で、これはcisでもtransでもどっちでもあまり違いが無いのでcisの場合がある。
ついにアミノ酸を覚えよ、と言われたので覚える事にする。いつかは覚えないとなぁ、と思いつつ後回しにしてきたのだが。
Serがprimary alcoholだ、という話をしている。primary alcoholってなんぞ？とググって以下。
OH基のついている炭素に余計なものがついてない、って事かね。
Cysteineのジスフィルド結合をCystineと呼ぶらしい。
dueを過ぎててsubmit出来ない。due厳しいなぁ。もともと卒業証がもらえる訳でも無いので自己採点出来れば十分で、Show answerは動いているので自己採点してやっていく。
ペプチド結合の数を数える問題、なんか側鎖のカルボキシル基（Gultamateの奴）とNH2のアミド結合もカウントしている気がするんだが、 ペプチド結合は主鎖の奴だけを呼ぶのでは無いのかね？
イソペプチド結合と言うらしい。これをペプチド結合と区別する場合としない場合があるようで、 区別を明示したい時はペプチド結合の方を eupeptide bondと呼ぶとか。 そう言ってないのでこういう場合はイソペプチド結合も含むと解釈すべきか。
レゾナンスってちょくちょく出てくるがあんま詳しくないのでなんか動画無いかな〜とググって、以下のシリーズを見つける。
なかなか良さそう。暇な時に見るかな。
シグマ結合とパイ結合のあたりを忘れたので復習。
混成軌道【sp3混成軌道, sp2混成軌道, sp混成軌道の違い】 : 化学のススメ
sp3混成軌道で作られる共有結合がシグマ結合、あぶれたp軌道同士で出来るのがパイ結合か。なんかこんなのあったな。
レゾナンスでググって以下のカーン・アカデミーの動画を見る。
だいたい理解した。
PyMOLのチュートリアルみたいな課題があったので、やってみる。 拡大とかのオペレーションは700xのwebアプリよりもだいぶ完成度が高いね。