血液の凝固は以下のステップで起こる。
plugはこの場合は栓とか詰め物という意味か。血栓というらしい。
血液にはFibrinのzymogenが既にある。これをFibrinogenと呼ぶ。
これを切断してfibrinポリマーを作り上げる。 この切断をする酵素はserine proteaseの一種でthrombinと呼ばれる。
大きな構造で340kDa。monomeric subunit（って何？）として以下から構成される。
これらがそれぞれジスルフィド結合でつながった構造をしている。
thrombinは２つのAと２つのBを切り離す。そしてβとγにあるホールに、この切り離されたknobがつながってポリマーを形成する。
thrombinはspecificity pocketにAsp（アニオン）を持つ。カットするのはArgのあとにGがあるケース。
α鎖はRGPRとなっている所で切り、β鎖はRGHRとなっている所で切る。 つまりαのノブはGPRに、βのノブはGHRとなる。
まずαのノブがγのホールとつながり、protofibrilという層を形成する。 この層のβのノブが隣の層のβのホールにつながる事でメッシュが形成される。
thrombinは必要な時だけactiveになって欲しい。 普段はprothrombinというzymogenとして存在して非活性。
thrombinが活動するメカニズムを解明する為のヒントとして、以下の３つがある。
凝固にCa2+が必要な事を確かめる為には、 血液を取り出してCa2+を抜き取るという事が出来る。 これにはCOO-を使う。
この目的にはEDTA、Ethylene Diamine Tetraacetic Acidを使う。 両端にNがついて、それぞれにCOO-が２つずつ、合計4つついた化合物。 これがCa2+を閉じ込める。
Ca2+が活性化した血小板の細胞膜に多く含まれるposphatidylserineと結合する。
prothrombinは幾つかのドメインがつながった構造をしている。
kringleはオランダのお菓子。見た目が似ているらしい。
これらのモジュラーなドメインが紐でつながっているような構造になっている。
ドメインとは、独立してfoldingして切り離しても単体で機能するもの。 （Independently folded unit capable of autonomous functionと板書にはあった）
fibrin周辺の命名が混乱した為、ローマ数字でつけ直すという事が行われた。
fibrinogenはI、fibrinはIa、prothrombinはII、thrombinはIIa。
prothrombinからthrombinへはXaが触媒する。この触媒はVaとCa2+と細胞膜が無いと機能しない。 XaはSerineProteaseでprothrombinを切り離す。
XからXaには、Extrinsic pathwayとintrinsic pathwayがある。extrinsic pathwayはtissue factorが必要で、短い。
なぜprothrombinからthrombinへの反応でCa2+が必要なのか？は、Glaドメインが関わっている。
Glaドメインの名前は、酪農家がアルファルファの代わりにクローバーを牛に食べさせたら出血死してしまったのを大学に持ち込んで発見された経緯かららしい。
反応が複雑過ぎるのでハンドアウト参照。 ケトン２つでquinoneと呼ぶらしい（ビタミンK quinone）。
ビタミンKがgultamateをγ-carboxygultamateにする反応があり、これは前述（「凝固にはCa2+が必要」）のEDTAと似た構造でCa2+を捕捉する。 クローバーに含まれるwarfarinとかがこの反応を遮断する。
Glaドメインはgultamateが10個ほどあり、それがすべてγ-carboxygultamateになっているらしい。 これがGlaと名付けられた理由とか。
なお、XaなどもGlaドメインを含むらしい。
折りたたまったprothrombinが伸びて切り離される（allosteryの例）