単語
以下の例を見ていく
リガンドはEPO (erythropoietin）。赤血球の増加を促す。EpoRがレセプターで、EpoRはJAKという別のタンパク質とくっついている。
Epoが結合するとEpoRは変形してJAKが近づき、JAKはお互いをリン酸化する。お互いがリン酸化されるとさらにEpoRの下側のドメインもリン酸化する。
下側のドメインがリン酸化されるとSTATというタンパク質と結合するようになる。STATにはシグナルの帰結で述べたSH2ドメインがある。 結合すると、さらにJAKはSTATをリン酸化する。
STATはリン酸化されるとdimerizedされ、NLSが露出するようになる。 NLSが露出すると核へと運ばれて、transcription factorとして働く。
phosphataseはリン酸エステルを加水分解する酵素の事。＞ フォスファターゼとは - コトバンク
キナーゼドメインのtransphosphorylationは、通常はアクティブでは無いが、両者が近づくとお互いをphosphorylationする。 transphosphorylationは膜をまたいで反対側がリン酸化される事か。
SH2ドメインを持つ様々なタンパク質があり、鍵と鍵穴のように特定のペアだけが結合する。 PngNoteにあるように、チロシンにリン酸基があるとそこと結合するポケットと、 他の部分のアミノ酸配列に依存したspecificityを示すポケットがあり、両方がマッチしたものだけが結合する。
チロシンはリン酸基が無いとポケットにはまらない。
先に見たRTKのdownstreamの一例として、Ras+Map Kinaseの例を見ていく。
Grb2, SOS, Rafはcytoplasmに浮遊しているタンパク質で、RTKはtransmembrane、Rasは膜上に偏在する。
RTKの例としてさらにもう一つ、PI3 Kinase Signaling pathwayを見てみる。
RTKの所でも触れた通り、RTKは以下のように進む
このSH2ドメインを持つタンパク質とRTKの間にspecificityがあり、それが様々な組み合わせを実現する。 この間はAAの配列がそれぞれの関係をコーディングしていると言える。 PI3キナーゼのシグナリングpathwayは以下のように進む。
PI3キナーゼはリン脂質をリン酸化するという点で特徴的。
リン酸化されたチロシンを識別するSHドメインのように、リン脂質の種類を識別する、PHドメインというものがある。 この例の場合はPIP3を認識するPHドメインを持つタンパク質がいくつかある。
AtkとかPDK1と呼ばれるタンパク質がそれ。
PHドメインはシグナルの帰結で述べた、モジュラー構造の一種。
PTENはPIP3をPIP2に戻す。lipid phosphatase。