前: バクテリアにおけるTranscriptionのRegulation
よくある化学反応のFree Energyとの関係のグラフ。transition stateの山の高さとデルタGが問題になる奴。
デルタGは kcal/mol で示される。 ATPは -7.3 kcal/mol
反応がどれだけ速やかに起こるか、というのはデルタGよりもデルタGactの方が重要(上記11ページ参照)。またの名をactivation energyと言う。
反応のレートをkで表すが、kとデルタGactは反対に関連している。例えばデルタGactが増加するとkは減少する。
ATPのactivation energy (デルタGact)は約 32kcal/mol。
このケースのATP加水分解のkは約 2x10^-11 [秒間あたりの過水分解量]
となる。
これは1モルで1600年掛かる。
複数ステップに分かれて反応が起こる時、一番小さなkのステップがrate limiting stepとなる。
反応を促進する場合はrate limiting stepのkを変更する必要がある。
だが反応を抑制したい場合はrate limiting stepでないkを下げる(つまりデルタGactを上げる)事でも抑制出来る。 これはkを下げる事で新しいrate limiting stepを作る事が出来るから。
これはバクテリアのTranscriptionなどでも同様に考えられる。 転写のレートは以下の4ステップに分けて考える事が出来る。
10ページも参照の事。
転写を促進したいなら、一番小さいkの反応を促進しなくてはならない。